Tuy nhiên, dù đã đạt được những bước tiến nhất định về mặt diện tích, tốc độ công nghiệp hóa và thương mại hóa ngành dược liệu địa phương vẫn đang vướng phải những rào cản mang tính cơ cấu sâu sắc. Khó khăn lớn nhất, dễ nhận thấy nhất, nằm ở hạ tầng giao thông bị chia cắt nghiêm trọng tại các vùng lõi sinh thái, dẫn đến chi phí logistics và hao hụt sau thu hoạch tăng cao. Thêm vào đó, năng lực nghiên cứu phát triển R&D giống cây trồng còn nhiều điểm nghẽn. Tỷ lệ sống sót của cây giống ươm hạt khi đưa ra môi trường tự nhiên khắc nghiệt hiện chỉ đạt khoảng 60-70%. Tình trạng này đi kèm với rủi ro thoái hóa gen qua nhiều thế hệ và nguy cơ bùng phát dịch bệnh trên diện rộng, đe dọa trực tiếp đến sản lượng và sự ổn định của hàm lượng hoạt chất sinh học bên trong dược liệu.

Đáng lưu tâm hơn từ góc độ kinh tế, vốn định phí ban đầu để thiết lập các dự án Sâm Ngọc Linh đạt tiêu chuẩn dược điển đang ở mức rất cao dao động từ 7 đến 8 tỷ đồng/ha. Con số khổng lồ này vượt xa năng lực tài chính và khả năng tiếp cận các nguồn tín dụng thương mại của phần lớn nền kinh tế nông hộ. Bên cạnh sức ép về vốn, sự xâm nhập ồ ạt của các dòng dược liệu lai tạp nhập lậu, với các thủ đoạn đánh tráo khái niệm thương hiệu tinh vi, đang làm nhiễu loạn thị trường và xói mòn niềm tin của người tiêu dùng. Trong khi đó, hệ thống trang thiết bị kiểm định hóa thực vật tại chỗ còn mỏng, chưa đủ sức trở thành màng lọc phòng vệ. Ở phần ngọn của chuỗi cung ứng, công đoạn bào chế chủ yếu vẫn giậm chân ở mức sơ chế thô, thiếu vắng các công nghệ hiện đại hóa y học cổ truyền để tạo ra những chế phẩm tinh chiết, dạng bào chế tiện dụng mang lại giá trị gia tăng vượt trội.